到十六世纪末期，厄瓜多尔大部分土地上已经建立了许多新的村镇。西班牙人继续征服和发现了其他一些地区，同时在那里建立了城市、集镇和村庄。所谓建立城市和村镇，首先是指设置市政组织—市议会。市议会为城镇奠定最初的基础，给最初的“居民”分配造房用地，划定建造教堂和修道院的地点，绘制街道草图并为城市生活作出最好的安排。

所谓村镇，其实就是印第安人大村社附近的西班牙人村庄。这种村镇也在交通要道附近，在生产农产品和经济作物的地区，或在矿山和淘金场附近自发地建立起来。为了深入未开发的地区，为了增加殖民区或探索新的交通线以便促进生产和贸易，这种建立城镇的热潮一直持续到十七世纪初叶。

不论在高原还是在沿海地区，集镇都增多了，其中有道累、拉斯博德加斯、阿劳西、里奥班巴、莫查、安巴托、巴尼奥斯、拉塔昆加和奥塔瓦洛。由于人口—特别是农业、商业和工业人口—大量流入，气候温和，而且位于主要居民点之间的交通中心，有些集镇很快地得到了发展。这样，一些集镇落后了，被遗忘了;另一些集镇则随着人口的显著增长和贸易的发展而演变成为城市。